In Silico 創薬

分子の母核構造の重ね合わせ　中編

前編から引き続いて分子の回転についてです。今回は分子を重ね合わせるための数式を導出したいと思います。目的関数四元数のイントロが終わってようやく本題に入ります。分子の3次元的な重ね合わせですが、動かす分子の座標ベクトル…

今回の話題は分子の回転についてプログラミングしてみます。話が長くなりそうなので、ブログを幾つかに分割して紹介します。はじめに前回は母核構造を固定してコンホメーションサーチをしてみました。色々なコンホメーションを発生さ…

As I have promised in my previous blog regarding curation of chemogenomics data, this time I will be talking a…

今回のブログもOpenBabelの分子力場の話題です。母核構造など、化合物分子の一部を固定してのコンホメーションサーチをやってみようと思います。はじめに前のブログではOpenBabelの分子力場のAPIを利用して低分…

2021年8月に発表させていただいたCGBVS法の論文では、応用として学習データのないターゲットの予測可能性について検証しています。この論文ではデータのない標的タンパクに対する化合物スクリーニングの予測精度（AUROC）…