中編で紹介した分子の重ね合わせの計算方法を実際にC++プログラムを組んでみます。OpenBabelの機能や応用と言うよりかは線型代数の計算がメインなので、C++で行列を扱う方法についても言及したいと思います。
分子の母核構造の重ね合わせ 中編
前編から引き続いて分子の回転についてです。今回は分子を重ね合わせるための数式を導出したいと思います。 目的関数 四元数のイントロが終わってようやく本題に入ります。分子の3次元的な重ね合わせですが、動かす分子の座標ベクトル…
分子の母核構造の重ね合わせ 前編
今回の話題は分子の回転についてプログラミングしてみます。話が長くなりそうなので、ブログを幾つかに分割して紹介します。 はじめに 前回は母核構造を固定してコンホメーションサーチをしてみました。色々なコンホメーションを発生さ…
Using ChEMBL Structure Pipeline to standardize compound structure data
As I have promised in my previous blog regarding curation of chemogenomics data, this time I will be talking a…
母核構造を固定してコンホメーションサーチ
今回のブログもOpenBabelの分子力場の話題です。母核構造など、化合物分子の一部を固定してのコンホメーションサーチをやってみようと思います。 はじめに 前のブログではOpenBabelの分子力場のAPIを利用して低分…