このブログの前編は次のリンクで拝見できます：KNIMEを用いてのCGBVS計算を行います（前編）。 今回は、KNIME上でCGBVSワークフローとその実行の話をさせていただきます。作業ステップは以下のように分けています。…
論文紹介（SIRT1活性化合物の探索）
学生アルバイトKさんのLigandScout関連論文の紹介記事です．LigandScoutの活用事例としてご参考になれば幸いです． （以下，論文紹介記事） 本記事では、次の論文を、LigandScoutの利用を中心に紹…
OpenBabelでC++プログラミング ～超入門 その3～
複数分子の取扱い 前回ではSDファイルの読み込み等の話題を扱いました。実はサンプルプログラムについて言及しなかった点がありました。それはvectorでOBMolクラスの配列を取り扱っていることです。通常SDファイルには…
OpenBabelでC++プログラミング ～超入門 その２～
今回はSDファイル 今回はSDファイルを取り扱ってみます。SDファイルとは化合物構造とそれに付随する様々な情報を取り扱うファイル形式として広く使われています。構造式を記述する部分の形式はMOL形式と同じで、複数の分子を…
KNIMEを用いてCGBVS計算を行います （前編）
はじめまして！インテージヘルスケアの川崎と申します。今回の投稿は、タイトルの通り、KNIMEを使ったCGBVS計算を紹介します。内容が長くなるので、以下のように前編と後編に分けます。 KNIMEのダウンロード都インスト…