OpenBabelでC++プログラミング ~部分構造検索 その2~

 前回に引き続き部分構造検索ネタでいきます。今回はもう少し実用的なプログラムを紹介します。それは医薬品として望ましくない部分構造を持つ化合物をライブラリから排除するプログラムです。日本において購入できる低分子化合物は1000万以上あるのですが、その中には医薬品として問題がありそうな(毒性が懸念される)構造をもつものが沢山あります。大抵は反応性が高く、有機合成に利用する反応試薬などがほとんどですが、インシリコスクリーニングを行う際はそれらを予め排除する必要があります。

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OpenBabelでC++プログラミング ~部分構造検索 その1~

 今回から化合物の部分構造検索についての話題を取り扱います。これが出来るようになると、OpenBabelを利用したプログラミングが段々楽しくなってきます。先ずは入門的なプログラムを紹介しようと思います。

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KNIMEを用いてのCGBVS計算を行います(後編)

今回は、KNIME上でCGBVSワークフローとその実行の話をさせていただきます。

作業ステップは以下のように分けています。

  1. KNIMEの起動と空きワークフローの作成
  2. 入力化合物構造の読み込み設定
  3. 化合物構造の記述子算出
  4. CGBVS計算の設定
  5. CGBVS計算結果のデータFiltering
  6. CGBVS計算結果をファイルに書き込むまたグラフ作成
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論文紹介(SIRT1活性化合物の探索)

 学生アルバイトKさんのLigandScout関連論文の紹介記事です.LigandScoutの活用事例としてご参考になれば幸いです.

(以下,論文紹介記事)

本記事では、次の論文を、LigandScoutの利用を中心に紹介します。

In silico and in vitro identification of candidate SIRT1 activators from Indonesian medicinal plants compounds database
(Azminah Azminah, Linda Erlinac, Maksum Radji, Abdul Mun’ia, Rezi Riadhi Syahdi, Arry Yanuar, Computational Biology and Chemistry Volume 83, December 2019, 107096)

https://doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2019.107096

サーチュイン(Sirtuin)は、クラスIIIヒストン脱アセチル化酵素であり、NAD+依存性脱アセチル化酵素群の総称です。その中の一つサーチュイン1(SIRT1)の活性化合物は、2型糖尿病、老化プロセス等に対して保護的な役割を果たしている可能性が示唆されています。著者らは、ファーマコフォア手法に基づくバーチャルスクリーニングにより、インドネシアの薬草に含まれる1377個の化合物の中からサーチュイン活性化合物となり得る4個の化合物を見出しました。

本論文における解析手順は下図の通りです(Graphical abstract)。

Graphical abstract

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OpenBabelでC++プログラミング ~超入門 その3~

複数分子の取扱い

 前回ではSDファイルの読み込み等の話題を扱いました。実はサンプルプログラムについて言及しなかった点がありました。それはvectorでOBMolクラスの配列を取り扱っていることです。通常SDファイルには複数の分子が記述されているので、あえて配列に読み込みました。今回はもうちょっと便利な分子の配列の作り方について語りたいと思います。

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