KNIMEを用いてCGBVS計算を行います (前編)

 はじめまして!インテージヘルスケアの川崎と申します。今回の投稿は、タイトルの通り、KNIMEを使ったCGBVS計算を紹介します。内容が長くなるので、以下のように前編と後編に分けます。

  1. KNIMEのダウンロード都インストール(前編)
  2. CzeekSのインストール(前編)
  3. KNIMEでのCzeekSワークフロー作成と実行(後編)

まず、計算マシンスペックについてですが、今回の検証で私が使っているマシンスペックを紹介します。

  • OS: Ubuntu18.04 Desktop(KNIMEを使うためDesktopのあるOSが必須です。)
  • CPU: Intel Core i7-4790, 3.6GHz, 8 processors
  • Memory: 16Gb
  • HDD storage: 1 Tb (500Gbでも問題ないと思います)
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自宅のPCはどんなディストリビューション使ってるんですか?

大学院生時代のある日の思い出

 私が大学院生だった頃に表題のような質問を受けたことが有ります。この質問したのは同じ研究室の後輩です。大学院では先生よりも先輩方から色々な事を学びます。そして自分が先輩になった時には後輩に色々教えなければなりません。私も先輩方から色々学んだし、後輩に色々教えた思い出があります。計算物理関係の研究室だったので、教える内容には当然 Linuxの使い方やプログラムの書き方等もありました。如何に Linux が素晴らしいOSか、それを支えるオープンソースのツールが如何に凄いかを語りました。

 ある後輩は私が教えた内容を素早く飲み込み、メキメキと実力をつけ、半年も経たないうちにWindowsを全く使わない完全なLinuxユーザーに仕上がっていました。地頭の良い奴だったと思います。もはや私の方が教えてもらうような感じでした。そんなある日、彼は私に「自宅のPCはどんなディストリビューション使ってるんですか?」と質問してきました。そして私はすかさず答えました。

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OpenBabelでC++プログラミング 〜超入門 その1〜

Hello Aspirin

 OpenBabelを無事インストールできましたか?今回はOpenBabelを利用した超簡単なC++プログラムを紹介したいと思います。先ずは以下のプログラムをコンパイルしてみましょう。この例では”main1.cpp“というファイル名でプログラムを保存します。このプログラムは”Aspirin.mol“という分子のMOLファイルを読み込んでSMILES形式で出力するという簡単なプログラムです。2個のファイルのリンクをクリックしてダウンロードして下さい。

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