この記事を書いているのは4月5日です。今が一番桜が綺麗な時期ですよね。先日久しぶりに実家に帰省しました。今回は創薬とかプログラミングとかから離れて、桜を見て来たという話です。 帰省先は秩父市 私の実家は埼玉県の秩父市にあ…
ChEMBL29のデータを利用したCGBVSの予測精度の検証
今回は弊社のソフトウェア製品であるCzeekSを使って、CGBVS法の予測精度の検証を行いました。現在弊社で作成済みのCGBVSモデルはChEMBL27のデータを基にしております。ChEMBLdbの最新バージョンは29な…
Configuring SSH key-based authentication, NIS and NFS in a Linux computer cluster
I am back with a blog, this time about configuring SSH key-based login, Network Information Service (NIS), and…
タンパク質ポケット内でリガンド構造のエネルギー極小化
今回の話題はタンパク質のポケット内にあるリガンドについてエネルギー極小化する方法についてです。特にタンパク質の構造を固定する場合についてどうすればよいか紹介したいと思います。あと、タンパク質とリガンドの力場エネルギー計算…
Application of different machine learning approaches to ligand prediction of orphan GPCR targets
As I have mentioned in my previous blog, in this blog I will be talking about LightGBM. However, this is not e…