私が開発しているDeep CGBVSをGitHubにて公開しました。GitHubはこちらです。https://github.com/kanai-intage/deep-cgbvsDeep CGBVSは、化合物とタンパク質…
Category: AI創薬関連, CGBVS/CzeekS, Machine Learning, プログラミング関連カテゴリー: Machine Learning
ChEMBL29のデータを利用したCGBVSの予測精度の検証
今回は弊社のソフトウェア製品であるCzeekSを使って、CGBVS法の予測精度の検証を行いました。現在弊社で作成済みのCGBVSモデルはChEMBL27のデータを基にしております。ChEMBLdbの最新バージョンは29な…
Category: CGBVS/CzeekS, Machine LearningApplication of different machine learning approaches to ligand prediction of orphan GPCR targets
As I have mentioned in my previous blog, in this blog I will be talking about LightGBM. However, this is not e…
Category: CGBVS/CzeekS, DRAGON/alvaDesc, Machine LearningUsing ChEMBL Structure Pipeline to standardize compound structure data
As I have promised in my previous blog regarding curation of chemogenomics data, this time I will be talking a…
Category: Machine Learning, RDKitオーファンターゲットに対する予測計算：Applicability Indexを計算してみました
2021年8月に発表させていただいたCGBVS法の論文では、応用として学習データのないターゲットの予測可能性について検証しています。この論文ではデータのない標的タンパクに対する化合物スクリーニングの予測精度（AUROC）…
Category: CGBVS/CzeekS, DRAGON/alvaDesc, Machine Learning