理論創薬研究所の金子信人です。今回はSMILESをもとに分子の反応性を予測するための官能基情報をマッピングするSMARTS-RXを紹介します。 参考論文SMARTS-RX: a SMARTS-based represen…
カテゴリー: RDKit
RDKitを利用するC++プログラムのCMakeによるビルド
はじめに 今回の話題はRDKitを利用したC++プログラムについてCMakeを適用しようと思います。今までCMakeについて2回ブログを書きましたが、実はこの話をブログにしたいからでした。RDKitというライブラリはOp…
エクセル形式の化合物リストを作成する
はじめに このブログを始めた頃はPythonはあまり得意ではなく、専らC++でプログラムを書いてました。しかしながら、Pythonを使用せざるを得ないことが多く、私も大分Pythonに慣れてきました。私の最初のブログを見…
Using ChEMBL Structure Pipeline to standardize compound structure data
As I have promised in my previous blog regarding curation of chemogenomics data, this time I will be talking a…
OpenBabelやRDKitのAPIドキュメント
今回はOpenBabelやRDKitなどのフリーツールを利用してプログラミングする際に必須であるAPIドキュメントについてです。