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In Silico 創薬

このブログサイトは、In silico創薬に関連する研究論文やソフトウェア・ツールの利用やプログラミングなどについてご紹介しています。

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カテゴリー: LigandScout

論文紹介(SIRT1活性化合物の探索)

Posted on 2020年2月7日2022年2月22日 by 田坂友彦

 学生アルバイトKさんのLigandScout関連論文の紹介記事です.LigandScoutの活用事例としてご参考になれば幸いです. (以下,論文紹介記事) 本記事では、次の論文を、LigandScoutの利用を中心に紹…

Category: LigandScout

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ファーマコフォアによる核内受容体のアゴニスト・アンタゴニストの判別

Posted on 2019年8月6日2022年2月22日 by 田坂友彦

学生アルバイトのKさんにLigandScoutの操作に慣れてもらうため,論文で説明されているLigand-based手法の再現をお願いしました.少し苦戦したようですが,以下そのレポートです.

Category: LigandScout

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LigandScoutでdual inhibitorのスクリーニング

Posted on 2019年5月21日2022年6月29日 by 理論創薬研究所 吉森 篤史

今回は、LigandScoutを使ったdual inhibitorのスクリーニングに関する以下の文献を紹介したいと思います。また、実際に文献の一部をトレースしたいと思います。ただしLigandScoutのバージョンの違い…

Category: LigandScout

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Ligand Expoに対するファーマコフォア探索

Posted on 2019年5月12日2022年6月29日 by 理論創薬研究所 吉森 篤史

今回は、PARP-1のファーマコフォアを使って、Ligand Expoに登録されている化合物データに対して探索を行ってみます。 Step 1: Ligand Expoから化合物データの取得 ここから以下の2つのファイルを…

Category: LigandScout

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LigandScoutでバーチャルスクリーニング

Posted on 2019年5月4日2022年2月22日 by 理論創薬研究所 吉森 篤史

今回は、LigandScoutを用いたファーマコフォアの構築とバーチャルスクリーニングを行ってみます。 例として、DUD-EからPARP1の阻害剤とそのデコイを取得してバーチャルスクリーニングを実施します。DUD-Eは、…

Category: LigandScout

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