Skip to content

In Silico 創薬

このブログサイトは、In silico創薬に関連する研究論文やソフトウェア・ツールの利用やプログラミングなどについてご紹介しています。

Menu
  • Blog Home
  • カテゴリー
    • CGBVS/CzeekS
    • DRAGON/alvaDesc
    • Docking
    • LigandScout
    • KNIME
    • Linux関連
    • プログラミング関連
  • ACISS サービスページへ
  • About Us
Menu

カテゴリー: LigandScout

論文紹介(SIRT1活性化合物の探索)

Posted on 2020年2月7日2020年2月10日 by 田坂友彦

 学生アルバイトKさんのLigandScout関連論文の紹介記事です.LigandScoutの活用事例としてご参考になれば幸いです. (以下,論文紹介記事) 本記事では、次の論文を、LigandScoutの利用を中心に紹…

Category: LigandScout

Read more

ファーマコフォアによる核内受容体のアゴニスト・アンタゴニストの判別

Posted on 2019年8月6日2019年8月6日 by 田坂友彦

学生アルバイトのKさんにLigandScoutの操作に慣れてもらうため,論文で説明されているLigand-based手法の再現をお願いしました.少し苦戦したようですが,以下そのレポートです.

Category: LigandScout

Read more

LigandScoutでdual inhibitorのスクリーニング

Posted on 2019年5月21日2019年5月31日 by 理論創薬研究所 吉森 篤史

今回は、LigandScoutを使ったdual inhibitorのスクリーニングに関する以下の文献を紹介したいと思います。また、実際に文献の一部をトレースしたいと思います。ただしLigandScoutのバージョンの違い…

Category: LigandScout

Read more

Ligand Expoに対するファーマコフォア探索

Posted on 2019年5月12日2019年5月31日 by 理論創薬研究所 吉森 篤史

今回は、PARP-1のファーマコフォアを使って、Ligand Expoに登録されている化合物データに対して探索を行ってみます。 Step 1: Ligand Expoから化合物データの取得 ここから以下の2つのファイルを…

Category: LigandScout

Read more

LigandScoutでバーチャルスクリーニング

Posted on 2019年5月4日2019年12月2日 by 理論創薬研究所 吉森 篤史

今回は、LigandScoutを用いたファーマコフォアの構築とバーチャルスクリーニングを行ってみます。 例として、DUD-EからPARP1の阻害剤とそのデコイを取得してバーチャルスクリーニングを実施します。DUD-Eは、…

Category: LigandScout

Read more

最近の投稿

  • プログラミング言語のif文
  • CGBSP ~新しいCGBVSの応用~
  • OpenBabelでC++プログラミング ~部分構造検索 その3~
  • In silico target prediction for protein-protein interaction (PPI) small molecule inhibitors using CGBVS
  • OpenBabelでC++プログラミング ~部分構造検索 その2~

カテゴリー

  • CGBVS/CzeekS (4)
  • Docking (1)
  • DRAGON/alvaDesc (4)
  • KNIME (2)
  • LigandScout (5)
  • Linux関連 (1)
  • プログラミング関連 (12)

アーカイブ

  • 2020年12月
  • 2020年10月
  • 2020年3月
  • 2020年2月
  • 2020年1月
  • 2019年10月
  • 2019年8月
  • 2019年7月
  • 2019年6月
  • 2019年5月

メタ情報

  • ログイン
  • 投稿フィード
  • コメントフィード
  • WordPress.org
©2021 In Silico 創薬 | Built using WordPress and Responsive Blogily theme by Superb