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In Silico 創薬

このブログサイトは、In silico創薬に関連する研究論文やソフトウェア・ツールの利用やプログラミングなどについてご紹介しています。

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月: 2019年5月

プログラミングが捗る親指Ctrl

Posted on 2019年5月31日2022年6月29日 by 株式会社インテージヘルスケア 金井 千里

LinuxではCtrlキーを多用する  私は普段の仕事ではLinuxを使用しています。勿論Windowsも使用しますがTera Termなどの端末エミュレータばかり使うので、結局Linuxを使用しているのと本質的には変わ…

Category: プログラミング関連, 雑記

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LigandScoutでdual inhibitorのスクリーニング

Posted on 2019年5月21日2022年6月29日 by 理論創薬研究所 吉森 篤史

今回は、LigandScoutを使ったdual inhibitorのスクリーニングに関する以下の文献を紹介したいと思います。また、実際に文献の一部をトレースしたいと思います。ただしLigandScoutのバージョンの違い…

Category: LigandScout

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in silico 創薬のためのC/C++プログラミング環境

Posted on 2019年5月16日2022年6月29日 by 株式会社インテージヘルスケア 金井 千里

ブログ開始  こんにちは、私はインテージヘルスケアの金井といいます。in silico創薬における受託解析計算などを仕事にしています。今回、私もブログなるものを書くことになりました。何分初めてのことで、in silico…

Category: プログラミング関連

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Ligand Expoに対するファーマコフォア探索

Posted on 2019年5月12日2022年6月29日 by 理論創薬研究所 吉森 篤史

今回は、PARP-1のファーマコフォアを使って、Ligand Expoに登録されている化合物データに対して探索を行ってみます。 Step 1: Ligand Expoから化合物データの取得 ここから以下の2つのファイルを…

Category: LigandScout

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LigandScoutでバーチャルスクリーニング

Posted on 2019年5月4日2022年2月22日 by 理論創薬研究所 吉森 篤史

今回は、LigandScoutを用いたファーマコフォアの構築とバーチャルスクリーニングを行ってみます。 例として、DUD-EからPARP1の阻害剤とそのデコイを取得してバーチャルスクリーニングを実施します。DUD-Eは、…

Category: LigandScout

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