理論創薬研究所の吉森です。今回はRDKitを使って簡単な創薬計算用MCPサーバーをWindowsで構築したいと思います。 MCPサーバーの作成 Powershellを管理者権限で起動する。 rdkit_mcpフォルダにt…
gpt-ossとPubChem MCP Serverの連携
理論創薬研究所の吉森です。今回は、gpt-ossからPubChem MCP Serverを使えるように設定したいと思います。 LM Studioとgpt-ossのインストール LM StudioをWindows 11にイ…
Direct MaxFlux法による遷移状態予測
理論創薬研究所の金子信人です。今回は化学反応の遷移状態を予測するオープンソースソフトウェアを紹介します。 参考文献Locating Transition States by Variational Reaction Pa…
GESimによる分子類似性評価
理論創薬研究所の金子信人です。今回は分子類似性評価ソフトウェアのGESimの紹介をしていきます。 参考文献GESim: ultrafast graph-based molecular similarity calcula…
AiZynthFinderによる逆合成解析
理論創薬研究所の金子信人です。今回はオープンソースの逆合成解析ソフトウェアのAiZynthFinderを紹介します。逆合成解析とはある化合物を合成するときに、どんな反応を用いてどんな原料を使えばいいのかという考え方で、有…