Hello Aspirin
OpenBabelを無事インストールできましたか？今回はOpenBabelを利用した超簡単なC++プログラムを紹介したいと思います。先ずは以下のプログラムをコンパイルしてみましょう。この例では”main1.cpp“というファイル名でプログラムを保存します。このプログラムは”Aspirin.mol“という分子のMOLファイルを読み込んでSMILES形式で出力するという簡単なプログラムです。2個のファイルのリンクをクリックしてダウンロードして下さい。
続きを読む →このブログサイトは、In silico創薬に関連する研究論文やソフトウェア・ツールの利用やプログラミングなどについてご紹介しています。
OpenBabelを無事インストールできましたか？今回はOpenBabelを利用した超簡単なC++プログラムを紹介したいと思います。先ずは以下のプログラムをコンパイルしてみましょう。この例では”main1.cpp“というファイル名でプログラムを保存します。このプログラムは”Aspirin.mol“という分子のMOLファイルを読み込んでSMILES形式で出力するという簡単なプログラムです。2個のファイルのリンクをクリックしてダウンロードして下さい。
続きを読む →今回はLinuxでのOpenBabelのインストール方法を紹介します。RDKitとどちらにしようか迷いましたが、私はOpenBabelの方を良く利用しているのでこちらにしました。対象とするLinuxのディストリビューションは主にUbuntu 18.04 LTSとします。また基本的なことですが、GCCやCMakeなどの開発ツールはインストール済みであるとします。
ただ単にインストールするだけなら難しいことはありません。aptやyumなどのパッケージマネージャーを利用すれば良いのです。例えば以下のようになります。Ubuntu系Linuxの場合は以下のコマンド一発です。
$ sudo apt install openbabel libopenbabel-dev私は普段の仕事ではLinuxを使用しています。勿論Windowsも使用しますがTera Termなどの端末エミュレータばかり使うので、結局Linuxを使用しているのと本質的には変わりません。Linuxを普段から使用している方なら分かると思いますが、LinuxではGUIよりも端末画面でコマンドを打ち込むことが多いです。かくゆう私も毎日毎日コマンドを打ち込むような使い方をしています。そんなコマンド大好きな私ですが、40歳を過ぎたある日、左手の小指に激痛が走りました。原因は大体わかっていました。左手の小指でCtrlキーを押してばかりだったからです。
続きを読む →今回は、LigandScoutを使ったdual inhibitorのスクリーニングに関する以下の文献を紹介したいと思います。また、実際に文献の一部をトレースしたいと思います。ただしLigandScoutのバージョンの違いなどがあり、全く同じようにはトレースできていませんので、その点はご了承ください。
Discovery of the first dual inhibitor of the 5-lipoxygenase-activating protein and soluble epoxide hydrolase using pharmacophore-based virtual screening.
Temml V, Garscha U, Romp E, Schubert G, Gerstmeier J, Kutil Z, Matuszczak B, Waltenberger B, Stuppner H, Werz O, Schuster D.
Sci Rep. 2017 Feb 20;7:42751. doi: 10.1038/srep42751