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In Silico 創薬

このブログサイトは、In silico創薬に関連する研究論文やソフトウェア・ツールの利用やプログラミングなどについてご紹介しています。

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OpenBabelでC++プログラミング ~部分構造検索 その1~

Posted on 2020年3月10日2020年3月12日 by 株式会社インテージヘルスケア 金井 千里

 今回から化合物の部分構造検索についての話題を取り扱います。これが出来るようになると、OpenBabelを利用したプログラミングが段々楽しくなってきます。先ずは入門的なプログラムを紹介しようと思います。

Category: プログラミング関連

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KNIMEを用いてのCGBVS計算を行います(後編)

Posted on 2020年2月19日2020年2月20日 by Enzo Kawasaki

今回は、KNIME上でCGBVSワークフローとその実行の話をさせていただきます。 作業ステップは以下のように分けています。 KNIMEの起動と空きワークフローの作成 入力化合物構造の読み込み設定 化合物構造の記述子算出 …

Category: CGBVS/CzeekS, DRAGON/alvaDesc, KNIME

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論文紹介(SIRT1活性化合物の探索)

Posted on 2020年2月7日2020年2月10日 by 田坂友彦

 学生アルバイトKさんのLigandScout関連論文の紹介記事です.LigandScoutの活用事例としてご参考になれば幸いです. (以下,論文紹介記事) 本記事では、次の論文を、LigandScoutの利用を中心に紹…

Category: LigandScout

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OpenBabelでC++プログラミング ~超入門 その3~

Posted on 2020年1月17日2020年1月17日 by 株式会社インテージヘルスケア 金井 千里

複数分子の取扱い  前回ではSDファイルの読み込み等の話題を扱いました。実はサンプルプログラムについて言及しなかった点がありました。それはvectorでOBMolクラスの配列を取り扱っていることです。通常SDファイルには…

Category: プログラミング関連

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OpenBabelでC++プログラミング ~超入門 その2~

Posted on 2019年10月11日2019年10月11日 by 株式会社インテージヘルスケア 金井 千里

今回はSDファイル  今回はSDファイルを取り扱ってみます。SDファイルとは化合物構造とそれに付随する様々な情報を取り扱うファイル形式として広く使われています。構造式を記述する部分の形式はMOL形式と同じで、複数の分子を…

Category: プログラミング関連

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