このブログサイトは、In silico創薬に関連する研究論文やソフトウェア・ツールの利用やプログラミングなどについてご紹介しています。
今回はSDファイルを取り扱ってみます。SDファイルとは化合物構造とそれに付随する様々な情報を取り扱うファイル形式として広く使われています。構造式を記述する部分の形式はMOL形式と同じで、複数の分子を取り扱えることや様々な情報を取り扱えるように仕様が拡張されています。より詳しい情報は以下のwebサイトを確認してみて下さい。
OpenBabelでSDファイルを読み書きするにはOBConversionクラスのSetInFormatメソッドで”SDF”を指定すれば良いだけです。SD形式がMOL形式やSMILESと異なるのは色々なプロパティ（情報）が入っている点で、このプロパティを扱わないとSD形式を利用する意味がありません。したがって、SDファイル中のプロパティを扱う方法を紹介します。
続きを読む →はじめまして！インテージヘルスケアの川崎と申します。今回の投稿は、タイトルの通り、KNIMEを使ったCGBVS計算を紹介します。内容が長くなるので、以下のように前編と後編に分けます。
まず、計算マシンスペックについてですが、今回の検証で私が使っているマシンスペックを紹介します。
私が大学院生だった頃に表題のような質問を受けたことが有ります。この質問したのは同じ研究室の後輩です。大学院では先生よりも先輩方から色々な事を学びます。そして自分が先輩になった時には後輩に色々教えなければなりません。私も先輩方から色々学んだし、後輩に色々教えた思い出があります。計算物理関係の研究室だったので、教える内容には当然 Linuxの使い方やプログラムの書き方等もありました。如何に Linux が素晴らしいOSか、それを支えるオープンソースのツールが如何に凄いかを語りました。
ある後輩は私が教えた内容を素早く飲み込み、メキメキと実力をつけ、半年も経たないうちにWindowsを全く使わない完全なLinuxユーザーに仕上がっていました。地頭の良い奴だったと思います。もはや私の方が教えてもらうような感じでした。そんなある日、彼は私に「自宅のPCはどんなディストリビューション使ってるんですか?」と質問してきました。そして私はすかさず答えました。
続きを読む →学生アルバイトのKさんにLigandScoutの操作に慣れてもらうため，論文で説明されているLigand-based手法の再現をお願いしました．少し苦戦したようですが，以下そのレポートです．
続きを読む →よく使うものをリストアップしてみました．創薬は直接関係しません，データ処理等で多少は参考になるかと．．
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