MoleculeResolverによる物質名からのSMILES検索 Posted on 2025年10月9日2025年10月9日 by kaneko 理論創薬研究所の金子信人です。今回は物質名から化合物情報を取得するMoleculeResolverを紹介します。 参考論文How to crack a SMILES: automatic crosschecked che… Category: AI創薬関連 Read more
骨格の立体配座の固定とドッキング Posted on 2025年9月16日2025年9月25日 by 理論創薬研究所 吉森 篤史 理論創薬研究所の吉森です。オープンソースのドッキングソフトウェアの多くは、環構造におけるイス形と舟形などの変化を考慮できないため、初期配座がドッキングの結果に与える影響が大きいと思います。今回は、まずは骨格の立体配座を固… Category: AI創薬関連, Docking Read more
Chempropを活用した機械学習による化学特性予測 Posted on 2025年9月11日2025年9月11日 by kaneko 理論創薬研究所の金子信人です。今回は化学特性予測のための機械学習パッケージのオープンソースソフトウェアを紹介します。 参考文献Chemprop: A Machine Learning Package for Chemic… Category: AI創薬関連 Read more
創薬計算用MCPサーバーの作成 Posted on 2025年8月22日2025年8月22日 by 理論創薬研究所 吉森 篤史 理論創薬研究所の吉森です。今回はRDKitを使って簡単な創薬計算用MCPサーバーをWindowsで構築したいと思います。 MCPサーバーの作成 Powershellを管理者権限で起動する。 rdkit_mcpフォルダにt… Category: AI創薬関連 Read more
gpt-ossとPubChem MCP Serverの連携 Posted on 2025年8月20日2025年8月22日 by 理論創薬研究所 吉森 篤史 理論創薬研究所の吉森です。今回は、gpt-ossからPubChem MCP Serverを使えるように設定したいと思います。 LM Studioとgpt-ossのインストール LM StudioをWindows 11にイ… Category: AI創薬関連 Read more