はじめに 前編ではFASTAファイルを読み込む部分のプログラムを作成しました。後編ではOpenBabelを利用してPDBファイルの残基番号の修正をします。プログラムに入力するデータなどは前編で紹介したものを利用する仕様に…
カテゴリー: プログラミング関連
PDBファイルの残基番号を修正する 前編
はじめに RCSB Protein Data Bank (RCSB PDB) には非常に多くのタンパク質の構造が登録されていますが、稀に残基番号がずれている場合があります。そのようなPDBファイルの場合、これに紐付いてい…
エクセル形式の化合物リストを作成する
はじめに このブログを始めた頃はPythonはあまり得意ではなく、専らC++でプログラムを書いてました。しかしながら、Pythonを使用せざるを得ないことが多く、私も大分Pythonに慣れてきました。私の最初のブログを見…
新しいPCをセットアップした話
最近自分が使用しているPCを新調しました。今回はまっさらなPCに自分流のプログラミングに適した環境にセットアップしたときの記録です。
C++の線型代数ライブラリEigenの使い方備忘録 〜応用編〜
前回のブログではEigenを利用したベクトルと行列の基本的な使い方についてまとめました。今回は線型方程式や固有値問題の解を求めるEigenの利用方法についてまとめます。この応用編についても自分用の備忘録としてまとめたもの…