先日、環状ペプチドを低分子化するための”Peptide-to-Small Molecule”という手法が、国内の研究グループより発表されました。 Yoshida S, Uehara S, Kondo N, et al. …
Category: AI創薬関連, Deep Quartet投稿者: 理論創薬研究所 吉森 篤史
LigandScoutでdual inhibitorのスクリーニング
今回は、LigandScoutを使ったdual inhibitorのスクリーニングに関する以下の文献を紹介したいと思います。また、実際に文献の一部をトレースしたいと思います。ただしLigandScoutのバージョンの違い…
Category: LigandScoutLigand Expoに対するファーマコフォア探索
今回は、PARP-1のファーマコフォアを使って、Ligand Expoに登録されている化合物データに対して探索を行ってみます。 Step 1: Ligand Expoから化合物データの取得 ここから以下の２つのファイルを…
Category: LigandScoutLigandScoutでバーチャルスクリーニング
今回は、LigandScoutを用いたファーマコフォアの構築とバーチャルスクリーニングを行ってみます。 例として、DUD-EからPARP1の阻害剤とそのデコイを取得してバーチャルスクリーニングを実施します。DUD-Eは、…
Category: LigandScout