理論創薬研究所の吉森です。オープンソースのドッキングソフトウェアの多くは、環構造におけるイス形と舟形などの変化を考慮できないため、初期配座がドッキングの結果に与える影響が大きいと思います。今回は、まずは骨格の立体配座を固…
投稿者: 理論創薬研究所 吉森 篤史
創薬計算用MCPサーバーの作成
理論創薬研究所の吉森です。今回はRDKitを使って簡単な創薬計算用MCPサーバーをWindowsで構築したいと思います。 MCPサーバーの作成 Powershellを管理者権限で起動する。 rdkit_mcpフォルダにt…
gpt-ossとPubChem MCP Serverの連携
理論創薬研究所の吉森です。今回は、gpt-ossからPubChem MCP Serverを使えるように設定したいと思います。 LM Studioとgpt-ossのインストール LM StudioをWindows 11にイ…
DeepCubistによる環状ペプチドの低分子化
前回、Deep Quartetを用いて環状ペプチドの低分子化を行いました。 本稿では、籠型骨格を生成するDeepCubist(文献１)を用いて環状ペプチドの低分子化を行ってみたいと思います。 文献１：Umedera K,…
Deep Quartetによる環状ペプチドの低分子化 (2)
前回、論文のファーマコフォアを参考に環状ペプチドの低分子化をDeep Quartet (DQ)を用いて行いました。 化合物Ａ(図1)は、DQより生成された化学構造の１つですが、環状ペプチドから得られたファーマコフォアをほ…