はじめに 前回はCMakeの簡単な使い方を紹介しました。今回はOpenBabelを利用したC++プログラムのビルド（コンパイル）について紹介します。一旦CMakeLists.txtファイル作成してしまえば、その後のプログ…
カテゴリー: OpenBabel
PDBファイルの残基番号を修正する 後編
はじめに 前編ではFASTAファイルを読み込む部分のプログラムを作成しました。後編ではOpenBabelを利用してPDBファイルの残基番号の修正をします。プログラムに入力するデータなどは前編で紹介したものを利用する仕様に…
PDBファイルの残基番号を修正する 前編
はじめに RCSB Protein Data Bank (RCSB PDB) には非常に多くのタンパク質の構造が登録されていますが、稀に残基番号がずれている場合があります。そのようなPDBファイルの場合、これに紐付いてい…
タンパク質ポケット内でリガンド構造のエネルギー極小化
今回の話題はタンパク質のポケット内にあるリガンドについてエネルギー極小化する方法についてです。特にタンパク質の構造を固定する場合についてどうすればよいか紹介したいと思います。あと、タンパク質とリガンドの力場エネルギー計算…
分子の母核構造の重ね合わせ 後編
中編で紹介した分子の重ね合わせの計算方法を実際にC++プログラムを組んでみます。OpenBabelの機能や応用と言うよりかは線型代数の計算がメインなので、C++で行列を扱う方法についても言及したいと思います。