理論創薬研究所の吉森です。オープンソースのドッキングソフトウェアの多くは、環構造におけるイス形と舟形などの変化を考慮できないため、初期配座がドッキングの結果に与える影響が大きいと思います。今回は、まずは骨格の立体配座を固…
Category: 未分類投稿者: 理論創薬研究所 吉森 篤史
創薬計算用MCPサーバーの作成
gpt-ossとPubChem MCP Serverの連携
DeepCubistによる環状ペプチドの低分子化
Deep Quartetによる環状ペプチドの低分子化 (2)
前回、論文のファーマコフォアを参考に環状ペプチドの低分子化をDeep Quartet (DQ)を用いて行いました。 化合物A(図1)は、DQより生成された化学構造の1つですが、環状ペプチドから得られたファーマコフォアをほ…
Category: Deep Quartet