創薬計算用MCPサーバーの作成

Posted on by 理論創薬研究所 吉森 篤史

理論創薬研究所の吉森です。今回はRDKitを使って簡単な創薬計算用MCPサーバーをWindowsで構築したいと思います。

MCPサーバーの作成

Powershellを管理者権限で起動する。

> powershell -ExecutionPolicy ByPass -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
> uv init rdkit_mcp
> cd rdkit_mcp
> uv venv
> .\.venv\Scripts\activate
> uv add mcp[cli] httpx rdkit

rdkit_mcpフォルダにtpsa_mcp.pyを配置する。
このスクリプトでは、分子のTPSAの計算、並びに各原子のTPSAに対する寄与を計算する２つの関数が実装されている。

tpsa_mcp.py:
from mcp.server.fastmcp import FastMCP
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps,rdMolDraw2D
from rdkit.Chem import rdMolDescriptors,Draw, Descriptors
import os

mcp = FastMCP("atomic_mcp", debug=True)

@mcp.tool()
def atomic_tpsa_fig(smiles):
	"""
	SMILESからrdkit molオブジェクトに変換をし、TPSAを計算して、画像ファイルを保存する。
	原子ごとのTPSAの寄与がわかる。
	"""
	mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
	tpsa = rdMolDescriptors._CalcTPSAContribs(mol)
	drawer = rdMolDraw2D.MolDraw2DCairo(300,300)
	fig = SimilarityMaps.GetSimilarityMapFromWeights(mol,weights=tpsa,draw2d=drawer)
	drawer.FinishDrawing()
	png_data = drawer.GetDrawingText()

	filename = "output.png"
	path = os.path.abspath(filename)
	with open(filename, "wb") as f:
		f.write(png_data)
	
	return {"image_file": f"file:///{path}"}
	
@mcp.tool()
def mol_tpsa(smiles):
	"""
	SMILESからrdkit molオブジェクトに変換をし、TPSAを計算する。
	"""
	mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
	tpsa = Descriptors.TPSA(mol)
	
	return tpsa
	
if __name__ == "__main__":
	mcp.run(transport="stdio")

LM Studioのmcp.jsonの設定

LM Studioを起動し、”Program”を選択し”install”を押すとmcp.jsonが編集できるので、以下のように記述する。パスの記述は、上記で作成したrdkit_mcpフォルダのパスとなる。

“Save”ボタンを押し、mcp/mcp-tpsa-serverをONにする。

Chatをはじめる

TPSAの計算：

mol_tpsa関数を用いて、TPSAの計算が実行されています。

各原子のTPSAに対する寄与の計算：

ブラウザで保存場所を開くと以下の画像が表示されます。
色分けの説明は、間違っていますね。

RDKitのスクリプトに少し手を加えるだけでMCPサーバーの構築ができます。
また、LM Studioを使えばgpt-ossとMCPサーバーの連携も簡単ですので、ローカル環境でいろいろな創薬システムの構築を楽しむことができると思います。


Category: AI創薬関連
Translate »