#include <fstream>
#include <iostream>
#include <iomanip>
#include <string>

#include <openbabel/mol.h>
#include <openbabel/obconversion.h>
#include <openbabel/fingerprint.h>

using namespace std;
using namespace OpenBabel;

int main(int argc, char* argv[]) {
  OBConversion conv;
  conv.SetInFormat("SMI");

  // フィンガープリントの設定(ECFP4)
  OBFingerprint* pFP = OBFingerprint::FindFingerprint("ECFP4");
  // OBFingerprint* pFP = OBFingerprint::FindFingerprint("MACCS");

  // 参照分子の読み込み
  ifstream ifs1("Fexofenadine.smi");
  OBMol ref;
  conv.Read(&ref, &ifs1);
  ifs1.close();

  // 参照分子のフィンガープリントを取得
  vector<unsigned int> fp_ref;
  pFP->GetFingerprint(&ref, fp_ref);

  // テスト分子の読み込み開始
  ifstream ifs2("test19.smi");
  vector<unsigned int> fp_mol;
  OBMol mol;
  while (conv.Read(&mol, &ifs2)) {
    // テスト分子のフィンガープリントを取得して谷本係数を計算
    pFP->GetFingerprint(&mol, fp_mol);
    double Tc = OBFingerprint::Tanimoto(fp_ref, fp_mol);
    cout << mol.GetTitle() << "\t" << Tc << endl;
    // フィンガープリントをクリア
    fp_mol.clear();
  }
  ifs2.close();

  return 0;
}