#include <iostream>
#include <fstream>
#include <string>

#include <openbabel/mol.h>
#include <openbabel/obconversion.h>

using namespace std;
using namespace OpenBabel;

int main(int argc, char* argv[]) {
  ifstream ifs("EGFR_lig.sdf");

  OBConversion conv;
  conv.SetInFormat("SDF");

  OBMol mol;
  vector<OBMol> lib;
  while (conv.Read(&mol, &ifs)) {
    lib.push_back(mol);
  }
  ifs.close();

  conv.SetOutFormat("CAN");
  for (auto ii = lib.begin(); ii != lib.end(); ii++) {
    // SMILESを取得する
    string smiles = conv.WriteString(&*ii);
    smiles.erase(smiles.find('\t'));

    // プロパティとしてSMILES
    OBPairData* p = new OBPairData;
    p->SetAttribute("OpenBabel_SMILES");
    p->SetValue(smiles);
    ii->SetData(p);

    // プロパティを1つ削除する
    ii->DeleteData("PUBCHEM_IUPAC_INCHI");
  }

  // SDファイルに出力する
  ofstream ofs("New_EGFR_lig.sdf");
  conv.SetOutFormat("SDF");
  for (auto ii = lib.begin(); ii != lib.end(); ii++) {
    conv.Write(&*ii, &ofs);
  }
  ofs.close();
}